蛋白A (Protein A) 是金黃色葡萄球菌的一個株系的細胞壁蛋白，它通過Fc區與哺乳動物的IgG結合，天然的啟維益成提供的Protein A，42kDa，含有四個Ig Fc結合位點，其中2個是有活性的，而用于純化抗體的，一般是重組的protein A，含有4個Ig Fc區域結合位點。
蛋白A作為親和配基被偶聯到瓊脂糖基質上即蛋白A瓊脂糖（protein A agarose），可以特異性的和樣品中的抗體分子結合，而使其他雜蛋白不結合，具有*的選擇性。1個蛋白A分子至少可以結合2個IgG。啟維益成提供的天然蛋白A 和重組的蛋白A對于IgG的Fc段有著相似的特異結合。但重組的蛋白A經改造后含有一個C末端半胱氨酸，可以單一位點偶聯于瓊脂糖上，降低了空間位阻，增加了與抗體的結合能力。蛋白A與IgG的結合強度很大成度上依賴于該抗體的種屬和亞型，啟維益成提供的蛋白A瓊脂糖常用于免疫沉淀鼠 IgG2a, IgG2b, IgA, 兔 IgG, 以及人的 IgG1, IgG2和IgG4幾種抗體。
蛋白G是一種源自鏈球菌G族的細胞壁蛋白，分子量25kDa，為三型Fc受體。蛋白G可以與IgG的Fc 區域特異性結合，與Protein A相比對IgG具有更好的結合能力，血清蛋白結合水平更低，純度更高，配基脫落也相對更低。重組蛋白G已經除去了與白蛋白及細胞表面結合位點，減少了交叉反應和非特異性結合。因此，它比天然蛋白G和蛋白A有更大的親和力。
蛋白G作為親和配基被偶聯到瓊脂糖基質上即蛋白G瓊脂糖（protein G agarose），可以特異性的和樣品中的抗體分子結合，Protein G能結合所有的人和鼠的IGG抗體亞型，包括鼠的IGG1。Protein G也可以與小鼠的IGG2a和IGG2b結合，而Protein A則不能。
Protein L是從馬格努斯消化鏈球菌分離出來的能和免疫球蛋白特異性結合的蛋白質，分子量36Kd，與蛋白A和蛋白G結合到（抗體）的Fc區不同的是，蛋白L通過輕鏈相互作用結合的抗體。因為重鏈的任何部分都不會參與結合相互作用，蛋白L結合更寬范圍的抗體類大于蛋白A或G蛋白L結合所有抗體類，包括IgG，IgM，IgA的，IgE和IgD的代表。盡管有很寬的結合范圍內，蛋白質L不是一個通用的抗體結合蛋白。 L蛋白結合于那些含有κ輕鏈的抗體，在人類和小鼠抗體，抗體分子除了包含κ輕鏈，其余有ι輕鏈。例如，它結合人VκI，VκIII和VκIV亞型但不結合VκII亞型。